Απέναντι από την αψίδα του Γαλερίου, στη συμβολή των οδών Εγνατίας και Παλαιών Πατρών Γερμανού, βρίσκεται ο ναΐσκος του Σωτήρος. Η αφιέρωση του στη Μεταμόρφωση του Χριστού είναι σύγχρονη. Η ανέγερση του τοποθετείται μετά το 1340 και η αρχική λατρεία του στην Παναγία προκύπτει από την επιγραφή στη μολύβδινη λειψανοθήκη του εγκαινίου που βρέθηκε το 1978. Ο ναός αποτελούσε μέρος ενός εκκλησιαστικού πυρήνα με δύο ακόμη υφιστάμενες εκκλησίες (Παναγούδα, Υπαπαντή) και μία κατεστραμμένη (Παναγία Ελεούσα), πιθανώς ως ταφικό παρεκκλήσι βυζαντινού μοναστηριακού συγκροτήματος.

Ο ναΐσκος αρχικά ήταν τετράκογχος εγγεγραμμένος σε τετράγωνη κάτοψη και με ογκώδη οκτάπλευρο τρούλο. Δηλαδή σε κάθε πλευρά έφερε από μία κόγχη εγγεγραμμένη στο πάχος του τοίχου εκτός της προεξέχουσας του ιερού βήματος. Ο τύπος είναι γνωστός κυρίως από ταφικά μνημεία και το παράδειγμα είναι μοναδικό για τη Θεσσαλονίκη. Σήμερα σώζονται οι τρεις κόγχες -ανατολική, βόρεια και νότια- ενώ η δυτική καθαιρέθηκε το 1936 με την προσθήκη ενός τετράπλευρου νάρθηκα. Οι δύο πλάγιες φιλοξενούσαν ταφές σημαινόντων προσώπων, ενώ τάφοι ερευνήθηκαν και κάτω από το δάπεδο του ναού. Εξωτερικά, η ευρεία χρήση των πλίνθων στην τοιχοποιία, τα βαθμιδωτά τόξα, οι ημικίονες και τα διπλά οδοντωτά γείσα χαρακτηρίζουν τα παλαιολόγεια μνημεία της Θεσσαλονίκης.

Οι τοιχογραφίες του τρούλου τοποθετούνται περί τα 1350-1370. Διατάσσονται σε τρεις ζώνες και τα θέματα διακρίνονται για την ιδιαιτερότητα τους. Στο κέντρο η Ανάληψη, όπως στην Αγία Σοφία και την Παναγία Χαλκέων, συνάδει προς το νεκρικό χαρακτήρα του κτίσματος. Στην παράσταση ξεχωρίζει η προσωποποίηση των ανέμων με μορφή αγγέλων-ερωτιδέων που κινούνται γύρω από τον ήλιο και τη σελήνη. Ακολουθεί η ζώνη με οκτώ Προφήτες, ανάμεσα στα παράθυρα, και χαμηλότερα μία μοναδική στη βυζαντινή εικονογραφία παράσταση θείας Λειτουργίας με ιεράρχες, διακόνους ψάλτες και πλήθος πιστών. Η λεπτότητα των μορφών συνδυάζεται με τις έντονες, δυναμικές κινήσεις και την ανήσυχη έκφραση που απηχεί απαισιοδοξία και μελαγχολία για τα «σημεία των καιρών» πιθανότατα διότι προηγήθηκαν τα επαναστατικά γεγονότα των Ζηλωτών από το 1342-1349.

Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας ο ναός βρισκόταν μέσα σε περίβολο ιδιωτικής οικίας και λειτουργούσε ως εκκλησία τιμώμενη στο Χριστό Σωτήρα, το όνομα του οποίου έπαιρναν τα παιδιά που βαπτίζονταν εδώ. Από το 19ο αιώνα περιήλθε στην εκκλησία της Παναγούδας.

Το μνημείο δοκιμάστηκε ιδιαίτερα στους σεισμούς του 1978. Με τις εργασίες στερέωσης και αποκατάστασης αποκαλύφθηκε ο αρχικός αρχιτεκτονικός τύπος, οι τοιχογραφίες στον τρούλο και πλούσια ανασκαφικά ευρήματα.